自偷自拍亚洲综合精品_又黄又爽无遮挡无码的免费视频_免费强纳西妲乳液模拟器软件_国产高清a级毛片视频_日本熟妇性在线播放_日韩AV不卡在线_字幕网资源站中文字幕_香蕉视频污下载app_久久久最近免费字幕中文大全_av无码专区第一页

1、技術(shù)路線

2、應用案例

1. linked read sequencing解決胃癌轉(zhuǎn)移中復雜的基因組重排問題

基因組重排是許多惡性腫瘤中關(guān)鍵的致癌驅(qū)動事件。然而，即使使用全基因組測序，癌癥基因組重排的結(jié)構(gòu)鑒定和分辨仍然具有挑戰(zhàn)性。

本文研究者通過10x Genomics的linked-reads方法結(jié)合測序來鑒定致癌基因組重排。該方法依賴于微流體液滴技術(shù)，文庫來自于大于或等于50kb的單個高分子量DNA分子。測序后，根據(jù)barcode序列將短reads拼接成長reads，從而提供長片段的基因組信息，識別單個高分子量DNA分子，分析在連續(xù)的兆堿基長度基因組片段上發(fā)生的基因突變的單體型，并描繪復雜重排的結(jié)構(gòu)。研究人員將全基因組的linked read測序應用于同一個個體發(fā)生的一組同步轉(zhuǎn)移性彌漫性胃癌的分析。

當比較轉(zhuǎn)移部位時，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)移性腫瘤中存在復雜的體細胞重排。而與此復雜重排相關(guān)的致癌事件導致了已知癌癥驅(qū)動基因FGFR2的擴增。使用這些linked read數(shù)據(jù)進一步研究，FGFR2拷貝數(shù)改變被確定為一個經(jīng)歷串聯(lián)重復的缺失-倒位基序，每個轉(zhuǎn)移都具有獨特的斷裂點。同時研究人員使用三維有機體組織模型驗證了胃癌中FGFR2擴增的轉(zhuǎn)移潛力。

我們的研究表明，基于10x Genomics的llinked read測序可用于表征癌癥轉(zhuǎn)移中的致癌重排。

參考文獻：Greer S U, Nadauld L D, Lau B T, et al. Linked read sequencing resolves complex genomic rearrangements in gastric cancer metastases[J]. Genome Medicine, 2017, 9(1): 57.

2. 10x Genomics應用于三陰性乳腺癌的基因組突變分析

三陰性乳腺癌（TNBC）細胞不表達雌激素受體、孕激素受體或人表皮生長因子受體2。目前，除了聚ADP-核糖聚合酶抑制劑外，對于這種類型的癌癥幾乎沒有有效的治療選擇

本文通過高覆蓋全基因組測序與轉(zhuǎn)錄組和全外顯子測序，介紹了TNBC基因突變的綜合表征。

BRCA1基因沉默損害了TNBCs亞組中的同源重組通路，與BRCA1突變的腫瘤表現(xiàn)出相似的表型；他們富集了許多結(jié)構(gòu)變異（SV），相對豐富了串聯(lián)重復?？寺》治霰砻?span>TP53突變和BRCA1啟動子中CpG二核苷酸的甲基化是癌發(fā)生的早期事件。SV與驅(qū)動致癌事件相關(guān)，例如MYC、NOTCH2或NOTCH3的擴增和受影響的抑癌基因包括RB1，PTEN和KMT2C。此外，我們確定了推斷的TGFA增強子區(qū)域。影響TGFA增強子區(qū)域的復發(fā)性SVs增強TGFA致癌基因的表達，其編碼表皮生長因子受體的高親和力配體之一。研究人員還確定了可以轉(zhuǎn)化3T3小鼠成纖維細胞的多種致癌基因，這表明個體TNBC腫瘤可能經(jīng)歷可以靶向的獨特的驅(qū)動事件。因此，本文揭示了TNBC的幾個特征，具有重要的臨床意義。

參考文獻：Kawazu M, Kojima S, Ueno T, et al. Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency[J]. PLoS Genetics, 2017, 13(6): e1006853.